国家柑橘改良中心长沙分中心于2006年由农业部批准建设，2010年建成，总投资718万元。中心设在湖南农业大学，拥有2000 m²实验室，18000 m²的温室和网室，65亩柑橘科研基地，配置有DNA全自动测序分析仪、蛋白质组分析装置、荧光显微镜等总值700余万元的大中型仪器设备。

目前，分中心拥有研究人员19人，其中教授3人，副教授3人，讲师及管理人员10人，具有博士学位的研究人员15人；客座研究人员和研究生40余人。根据国内外柑橘产业的发展趋势和湖南省柑橘产业的实际需求，团队凝练了5个柑橘科研方向，即资源研究与种质创新、生物技术与分子生物学、生理生态与品质调控、安全生产与植物保护和果实采后处理与贮藏保鲜。

近5年来，柑橘中心承担了国家和省部级各类重大科研项目30余项，累计到位科研经费2500余万元，发表学术论文100余篇，其中SCI论文30余篇。先后登记柑橘新品种18个，新品种保护5个，获得国家发明专利9项，软件著作权4项。

柑橘中心承担柑橘病毒类病害的检测、脱毒和无病毒原原种母树的保存与繁育任务，开展柑橘新品种和砧木的展示与示范推广，研发高品质高效益栽培技术和采后处理与贮藏保鲜技术并进行示范推广，在省内外设立试验示范基地20余个，为柑橘产业发展积极发挥科技支撑作用。

分中心与意大利、加拿大、西班牙、韩国、日本等多个国家及国内多个研究单位有密切的合作关系。